نفهمیدن یا ندانستن معنای برخی فرازهای دعای ابوحمزه ثمالی نباید مانع از خواندن این دعای شریف شود .
درباره قرآن کریم نیز همین مسئله وجود دارد؛ یعنی اگر کسی معنای عبارات را نمی‌داند، نباید بگوید که من قرآن نمی‌خوانم؛ بلکه باید به توجه خاص، آن را بخواند و کم‌کم به فهم معانی و مفاهیم نیز برسد.
در دعای ابوحمزه ثمالی برخی اوصاف خدای تعالی آمده است و بیان شده که تمام عظمت‌ها و تمام بزرگی از اوست؛ همچنین، در برخی فرازها به مسئله «روش‌شناسی» شناخت خدا پرداخته شده و بیان شده که آیا انسان باید خدای تعالی را از آثارش بشناسد؟ یا این ‌که انسان باید از خود خدا به شناخت او برسد؟